El gobierno ha tenido grandes dificultades para ‘civilizar’ a los huicholes e integrarlos como un grupo productivo de mano de obra dependiente en la sierra. Después de la independencia de España, las leyes de la Reforma, bajo Benito Juárez, en los años 1850, restringieron el poder de la Iglesia, pero dejaron de reconocer las tierras comunales indígenas y éstas fueron asaltadas de nuevo por sus vecinos mestizos. Algunos huicholes y muchos de sus vecinos coras se unieron a las fuerzas de los invasores franceses, bajo Manuel Lozada, hasta que fueron detenidos en Guadalajara, Jalisco, en 1873. Como repercusión, cuando los primeros etnógrafos seculares estaban poniéndose en contacto con los huicholes, a fines del siglo diecinueve y principios del veinte, estos indígenas estaban en el curso de perder grandes extensiones de sus tierras que habían sido saqueadas.